Государственный научно-исследовательский навигационно-гидрографический институт (ГНИНГИ) сформирован приказом народного комиссара ВМФ 10 марта 1939 г. и в советское время занимался вопросами создания технических средств навигации, гидрографии, морской картографии и гидрометеорологии, а также разработкой методов навигационно-гидрографического обеспечения деятельности ВМФ и общего мореплавания. За достигнутые успехи в 1984 году институт награжден Орденом Трудового Красного Знамени.
С 1988 г. при институте действует Диссертационный совет ДС 215.307.01 по защите докторских и кандидатских диссертаций. С 1995 г. издается журнал "Навигация и гидрография" и научно-технический сборник.
Масштабные изменения последних десятилетий внесли коррективы в направления деятельности института и поставили перед ним новые задачи. Постановлением Правительства РФ от 19 июня 1994 г. № 711 ГНИНГИ определён головной научно-исследовательской организацией России, ответственной за обоснование и разработку технической политики в области навигации, гидрографии, морской картографии, океанографического обеспечения оборонной и экономической деятельности на море.
В настоящее время коллектив ГНИНГИ насчитывает около 250 сотрудников, среди которых 18 докторов и 27 кандидатов наук. 5 сотрудников являются Лауреатами Премии Правительства РФ в области науки и техники.
15 июня 2009 г. в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 сентября 2008 г. № 1359 институт преобразован в АО «ГНИНГИ» и включен в состав АО «Ремвооружение».
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 2 июля 2014 г. № 1205-р АО «ГНИНГИ» внесено в перечень стратегических организаций, а также Федеральных органов исполнительной власти, обеспечивающих реализацию единой государственной политики в отраслях экономики, в которых осуществляют деятельность эти организации.